佑民寺始建于南朝,至今有1400年的历史了。佑民寺最早叫大佛寺,梁代的时候,豫章王(豫章就是古代南昌的别称)的老师葛鲟家里有一口井,里面住了蛟龙。豫章王特意造了一尊大佛像来镇住蛟龙。后来,葛鲟把这所房子捐出来建寺庙,因为供奉了镇龙的大佛像,所以就叫大佛寺了。唐朝时,大佛寺改名为“开元寺”。
禅宗八祖马祖道一担任佑民寺住持十五年,开创了洪州宗,784年,新罗(也就是现在的韩国)的僧人无寂来开元寺参拜当时的住持马祖的弟子西唐智藏禅师,深得西唐智藏的赏识,将法号改成道义,并传授禅门心法。智藏禅师的新罗弟子除了道义外,还有洪陟、惠哲禅师等,回韩国开创了实相山派、桐裹山派。九世纪初,禅宗在韩国形成“禅门九山”,其中有七山与马祖道一的洪州宗有关。
进入隋唐之际,大佛寺香火很盛。到唐开元年间(713-741),大佛寺奉敕改称“开元寺”。此时寺中香火不减当年,梵音久播,声名远传,不仅誉称中华,而且远至海外。据《中朝佛教文化交流史》等记载,开元年间之初,新罗(今韩国)僧人金大悲。住于洪州开元寺(即今南昌佑民寺)。唐大历年间(766—799),洪州一度改名钟陵。大历八年(773),有中国禅宗八祖之尊的释道一移锡人住钟陵开元寺,在此弘法长达15年之久。
释道一(709—788),俗姓马,汉州什邡(今四川什邡县)人。幼年出家于邑内罗汉寺,20岁于渝州(州治在今重庆)圆律师座下受具足戒后,游学至南岳衡山(今属湖南省),得释怀让以“磨砖不能成镜,坐禅岂能成佛”之开示,言下顿悟。而后,随侍释怀让9载,得授心印。数年后,释道一前往福建,开法于建阳佛迹岭(今属福建省),广弘南宗顿悟宗风。唐天宝三年(744)前后,释道一率众迁锡江西。到大历八年(773),释道一率众移住钟陵开元寺。
佑民寺殿堂雄伟,前殿有众多佛像和千佛缸,缸外装饰九十余个佛像,神态各异,古朴端庄。在缸上饰佛像众多,国内罕见。后殿有巨型铜佛像,佛像庄肃穆,较为珍贵。佑民寺右侧,一座四层角形的钟楼挺然护在佑民寺旁。钟楼内悬有大铜钟一口,为十世纪南唐时铸,重五千多公斤,高二点三米,周长四点七米。钟楼为一九二九年用花岗石修筑的。
传说朱元璋曾微服佑民寺,寺僧再三追问其姓名,朱元璋大为恼火,便题诗一首于殿壁上,曰:“余尽江西数万兵,腰间宝剑摁留腥。野僧不识山河主,只管叨叨问姓名。”题罢便掷笔而去,并说要严惩寺僧。寺僧甚惧,正好一云游僧夜宿于此,其将壁上的原诗抹掉,另题一首,曰:“御笔题诗不敢留,留时惟恐鬼神愁;好将江水频频洗,犹有毫光射斗牛。”而后当朱元璋准备问罪之时,阅过新诗后便不再追究了,并赞“寺内大有人在”。
嘉庆年间,在后殿铸铜接引佛一尊,高1.6丈,重3万6千斤。民国年间,南昌民谚“江西穷是穷,还有三万六千铜”即指此。
民国之初,北洋军阀即强占佑清寺为营房。此后,国民党军队竟将寺宇殿堂作为军火库,划为禁区,僧人全被驱出,香火中断。而且,驻在寺中军队多次在寺内造成火药爆炸,殿堂寺宇遭到严重破坏。1927年“八一起义”战斗中,起义军攻打了国民党军队弹药库——南昌佑清寺。1929年,南昌居士姚国美、曾非欤等和南海行宫住持恒定和尚共同发起修复佑清寺。
姚国美带头捐出诊金数万元,并联络众同参募集净资,重修大雄宝殿,改建山门,复建念佛堂,重塑佛像。姚国美主持在山门右侧房开设中医诊所,施医舍药,以药金所得,供寺中香火油金。山门左侧房辟为佛经流通处。在寺西侧兴建花岗岩结构四层四角形钟楼一座(址在今环湖路四号),移原普贤寺铜钟于其上。修复竣工之后,姚国美等共议将寺名改为“佑民寺”。
接着姚国美等又联络同参于佑民寺念佛堂成立南昌居士林(又名“觉集念佛林”)。在此前后,释慈舟、释印光和居士梅光羲等相继到佑民寺讲经说法。西藏诺那呼图克图及其弟子贡噶上师也先后在佑民寺启坛,灌顶传道。
1966年6月,“文化大革命”开始后,佑民寺惨遭破坏,殿堂建筑及诸殿佛、菩萨像和法器等毁坏殆尽,僧人被驱出山门,3万斤大铜佛像遭锯毁,除头部外,悉被熔化。寺宇院落全遭其他单位与个人占有。
“文化大革命”结束后,1986年中共南昌市委和市人民政府作出修复佑民寺决定,拨出专款将寺内占用单位与住户迁出。次年春,钟楼和药师佛殿修复告竣。4月,省佛协常务理事释戒全应请入住,出任住持。寺内中断20多年的香火得以复燃。接着,省佛协副秘书长兼常务理事释达定应请为监院。得海内外四众弟子相助,特别是香港宝莲寺方丈释圣一多次捐款,佑民寺修复工程进展很快。1991年元月2日(农历11月2日),佑民寺隆重举行大钟大鼓开响仪式,中断20余年的钟鼓得以复响。